Отац Харитон кренуо је аутом из Богословије ка манастиру Свети Архангели када су га припадници ОВК зауставили пред објектом тадашњег Дома ЈНА, извукли из возила, угурали у свој џип, отели његов аутомобил и упутили се у непознатом правцу. 

Све ово дешавало се пред очима трупа КФОР-а из немачког контигента који се само 3 дана раније стационирао у граду на Бистрици.

Према подацима Регистра за нестала лица, тог дана је у Призрену отето још лица српске националности.

Измасакрирани посмртни остаци оца Харитона пронађени су августа 2000-е године у масовној гробници у призренском насељу Тусус.

Отац Харитон је зверски убијен. Имао је неколико избијених пршљенова, прелом ребара и леве руке а његова глава никада није пронађена.

Идентификован је на основу бројанице, личне карте и монашке одеће која је била расечена с предње стране у пределу срца.

Сви докази предати су међународним институцијама на Косову и Метохији и Хагу, али до данашњег дана починиоци нису процесуирани нити је ико одговарао за овај злочин.